Viime vuosina yleistynyt suojuoksu on tehokas kuntoilulaji, mutta pahimmillaan sillä voi olla ikäviä vaikutuksia soiden kuntoon. Paukanevalla reitin ulkopuolella liikkuminen on jättänyt alueelle jälkiä, ja paikoitellen kasvillisuus on jo tuhoutunut suojuoksureitillä jopa 10 metrin leveydeltä. Metsähallitus kehottaakin Paukanevalla kävijöitä välttämään uusien polkujen tekoa suolle.
Märässä suossa polku leviää helposti, ja polun kohdalle kertyy vettä. Väsyneet juoksijat hakevat uran reunalta kestävämpiä mättäitä, jolloin polku jatkaa levenemistään.
Suurin osa alueella kävijöistä ei aiheuta haittaa tahallaan. Metsähallitus toivoo kävijöiden kiinnittävän nyt entistä enemmän huomiota siihen, aiheuttaako oma toiminta alueelle jälkiä. Suoluonto on herkkää tuhoutumaan, jäljet näkyvät helposti ja kasvavat hitaasti umpeen.
Jatkossa suojuoksua pyritään myös kohdentamaan alueella entistä kestävämmin, jotta sen haitat eivät leviä ympäri suota.
Paukanevan aluetta käytetään nykyään paljon myös koirien ulkoiluttamiseen. Metsähallituksesta muistutetaan, että koirat on pidettävä aina kiinni alueella kuljettaessa. Vapaina juoksevat koirat voivat häiritä suolla pesiviä lintuja sekä toisia retkeilijöitä.
Paukanevalla liikkuminen jokamiehen oikeudella on sallittua, kunhan siitä ei aiheudu vähäistä suurempaa haittaa maanomistajalle, maankäytölle tai luonnolle. Ryhmien säännölliseen toimintaan tarvitaan sen sijaan maanomistajan eli Metsähallituksen lupa, koskipa se sitten suolla juoksemista, koirien kouluttamista tai jotain muuta toimintaa. Myös tapahtumien järjestämiseen tarvitaan aina maanomistajan lupa. Toistaiseksi lupia ryhmätoimintaan ei kuitenkaan myönnetä, koska parhaillaan selvitetään uuden suojuoksupolun merkintää Metsähallituksen hallinnoimalle alueelle.
Pitkospuureitti on riittävä muuhun liikkumiseen ja virkistäytymiseen, ja lähtöpaikat ovat hyvät, joten olemassa olevalle pitkospuureitille ei suunnitella muutoksia.
Paukaneva on suurimmaksi osaksi Metsähallituksen hallinnoima suojelualue, joka kuuluu Natura 2000-verkostoon ja soidensuojeluohjelmaan. Alueella on myös muutamia yksityisiä suojelualueita. Suo on suurimmaksi osaksi ojittamatonta, minkä ansiosta se on säilynyt hyvin luonnontilaisena.